疑問詞を使った疑問文は、その疑問詞が主語の場合とそうで無い場合で、名詞化が異なります。疑問詞が主語の場合、語順は変わりません。たとえば What made him say so? の名詞化は　what made him say so です。それで do you think という疑問文が挿入されても、What do you think made him say so? となります。でも疑問詞が主語で無い場合は、疑問文が平叙文型に変化します。たとえば　What is he? の名詞化は what he is です。それでdo you think という疑問文が挿入されてた場合も、What do you think he is? となります。