rather には幅広い意味があり、ある時は「やや」そしてある時は「かなり」のような意味で使われます。「そんなに」とう意味の so と thatはほぼ同じ使い方と思っていただいて結構ですが、あえて言うなら、that の方は、頭の中に比較対象となるものがあり、「それと比べるとそんなに」という意味あいが暗示されます。