付加疑問文の最後"が上がるか下がるかは、正誤の問題ではなく、話者の確信度合いの違いとなります。
たとえばBob is your friend, isn't he?"の最後下がる場合は、Bob is your friend.　という事実をかなり強く確信しており、それを再確認するための付加疑問となります。一方上がり調子の場合は、もしかしてそうでないかも知れない気持ちがあるので、その事実を確認するための付加疑問となります。